5 липня 1439 р. на Флорентійському соборі митрополит Київський і всієї Руси Ісидор разом із грецьким архієпископом Василем Бессаріоном підписали церковну унію про об'єднання православної й католицької церков під владою Папи Римського (Євгена IV).
У роботі собору також брали участь візантійський імператор Іван VIII Палеолог і константинопольський патріарх Йосиф II.
Рішення про унію було продиктоване бажанням об'єднати християнські церкви перед загрозою турків, які вторглися на Балкани.
Але унія так і не була реалізована. Після повернення до Москви митрополит був вороже зустрінутий царем Василем II, постав перед церковним судом, потрапив до в'язниці, але через три роки втік.
У Римі Ісидор став кардиналом і отримав титул Патріарха Константинопольського, але Константинополь на той час уже був захоплений турками.